• Bước 1: Đơn vị vào chức năng: \\ Đăng ký mã số ĐVQHSN\ Chọn kiểu tờ khai muốn đăng ký

• Bước 2: Đơn vị nhập đầy đủ thông tin tờ khai cần đăng ký và gửi cho CQTC xin cấp mã

• Bước 3: Sau khi gửi thông tin tờ khai cho CQTC, hệ thống thông báo mã số giao dịch\số pin và ngày hẹn vào xem thông tin phản hồi của CQTC đối với tờ khai của đơn vị

• Bước 4: Đến ngày hẹn, đơn vị vào chức năng: \\ Sửa đổi\bổ sung thông tin, nhập mã số giao dịch\ số pin đã được cấp để xem thông tin phản hồi của CQTC

• Bước 5: Đơn vị làm theo hướng dẫn của CQTC  để hoàn thiện tờ khai

• Bước 6: Đơn vị sau khi hoàn thiện sẽ mang hồ sơ gốc lên CQTC xin cấp mã để đối chiếu

• Bước 7: Tờ khai hợp lệ, CQTC  sẽ in giấy chứng nhận mã số cho đơn vị

• Bước 8: Trường hợp tờ khai không hợp lệ quay lại bước 4 đế sửa lại thông tin tờ khai

• Mẫu số 01-MSNS-BTC: Mẫu tờ khai đăng ký mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách dùng cho các đơn vị dự toán, đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước, các đơn vị khác có quan hệ với ngân sách.

• Mẫu số 03-MSNS-BTC: Mẫu tờ khai đăng ký mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách dùng cho các dự án đầu tư xây dựng cơ bản ở giai đoạn chuẩn bị đầu tư.

• Mẫu số 04-MSNS-BTC: Mẫu tờ khai đăng ký mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách dùng cho các dự án đầu tư xây dựng cơ bản ở giai đoạn thực hiện dự án.

• Mẫu số 05-MSNS-BTC: Mẫu tờ khai đăng ký bổ sung thông tin chuyển giai đoạn dự án đầu tư xây dựng cơ bản.

Đối với ĐVQHNS thuộc Trung ương: Bộ Tài chính (Cục Tin học và Thống kê tài chính) có trách nhiệm cấp mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách cho các đơn vị thuộc ngân sách Trung ương. Địa chỉ 28 Trần Hưng Đạo, Hoàn Kiếm, Hà Nội.

Đối với ĐVQHNS thuộc Địa phương: Sở Tài chính các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm cấp mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách cho các đơn vị thuộc ngân sách địa phương.

CQTC trả GCN sau 5 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ theo quy định

Các đơn vị có quan hệ với ngân sách bao gồm: đơn vị dự toán các cấp, đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước, các đơn vị khác có quan hệ với ngân sách; các dự án đầu tư xây dựng cơ bản thuộc ngân sách Trung ương và các cấp ngân sách tỉnh, huyện, xã phải thực hiện đăng ký, kê khai với cơ quan tài chính để được cấp mã số các đơn vị có quan hệ với ngân sách.

Các đơn vị dự toán, đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước, các dự án đầu tư xây dựng cơ bản là bí mật quốc gia không thuộc diện phải đăng ký mã số các đơn vị có quan hệ với ngân sách.

Mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách là một dãy số được qui định theo một nguyên tắc thống nhất để cấp cho các đơn vị có quan hệ với ngân sách. Mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách được sử dụng để nhận diện đơn vị dự toán, đơn vị sử dụng ngân sách Nhà nước, các đơn vị khác có quan hệ với ngân sách và dự án đầu tư xây dựng cơ bản, kèm theo các chỉ tiêu quản lý của từng đơn vị, từng dự án đầu tư nhằm phục vụ công tác quản lý ngân sách Nhà nước. Mỗi đơn vị có quan hệ với ngân sách chỉ được cấp một mã số duy nhất trong suốt quá trình hoạt động từ khi thành lập cho đến khi chấm dứt hoạt động. Mã số đơn vị có quan hệ với ngân sách đã được cấp sẽ không được sử dụng lại để cấp cho đơn vị có quan hệ với ngân sách khác.